Rispetto alle tradizionali caldaie, queste hanno un costo maggiore, il che rappresenta uno svantaggio in fase di investimento. Tale criticità è comunque bilanciata ampiamente dal rilevante risparmio sui costi energetici.
Per quanto riguarda gli impianti ad uso collettivo, l’uso della filiera legno – energia è caratterizzato da una relativa complessità organizzativa. È un percorso infatti che presuppone una cultura dello sviluppo locale e il coinvolgimento di diversi attori economici ed istituzionali del territorio.