Di seguito vengono descritti alcuni degli svantaggi legati alla produzione del bioetanolo: - costo di produzione del bioetanolo pari a circa il doppio di quello della benzina. Per ovviare a ciò, per consentire il decollo del mercato e una pari competitività iniziale rispetto alle benzine sono di fatto necessarie agevolazioni fiscali e finanziamenti di origine governativa legate alla caratteristica "rinnovabile" di questa fonte energetica;
- aumento, tra marzo 2007 e marzo 2008, dell’85% del prezzo dei cereali, del 60% l’orzo, del 40% il mais e delll’85% della soia;
- uso di fertilizzanti sintetici, fitofarmaci che potrebbero alterare il bilancio di CO2 per la produzione delle colture destinate alla produzione di biocombustibili;
- presenza di alcuni degli inquinanti tossici, come la formaldide, acetaldide, il nitrato di perossiacetile, nella combustione.
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