Dal punto di vista meccanico, poiché le miscele con metilestere a basso tenore come il B20 sono caratterizzate da una viscosità superiore rispetto al diesel di origine minerale, il combustibile può raggiungere lo stato di “gel” nella stagione fredda creando problemi nell’accensione a freddo. Questo inconveniente può essere, tuttavia, risolto utilizzando un additivo specifico.
Dal punto di vista ambientale, la produzione delle colture destinate alla produzione di biocombustibili vede l’utilizzo di fertilizzanti sintetici, fitofarmaci che potrebbero alterare il bilancio di CO₂. Inoltre la quantità di acqua necessaria per coltivare le colture per la biomassa è di gran lunga maggiore rispetto alle altre forme di energia rinnovabile. A tal proposito i ricercatori dell’Università di Twente in Olanda, nel rapporto “The water footprint of bioenergy” disponibile sul sito Proceedings of the National Academy of Sciences (PNAS) hanno effettuato uno studio attraverso il quale sono stati in grado di scegliere la coltura migliore a seconda del luogo di coltivazione.